Casa Magnolia wordt geleid door het bestuursorgaan dat samen met de twee coördinatoren het algemeen beleid en de strategie bepaalt.

De leden van het bestuursorgaan:

Luc Robijns – voorzitter
Elke De Cauwer – ondervoorzitter
Hanne Laer – oprichter
Dirk Wille – secretaris en medeoprichter
Tom Marivoet – penningmeester